Plateforme Bioinformatique

Mise à jour le   16/07/2021

La plateforme Bioinformatique soutient le projet de recherche de l'Unité au travers de deux approches : une approche par intelligence artificielle et une approche par analyses multi-omiques.

 

L'approche par analyses multi-omiques s’applique à intégrer et interpréter des données de RNAseq, de single cell RNAseq, de méthylation (Array, RRBS, RRHP), de GWAS (genome-wide association study), de proéomique (cytométrie en flux et données sérologiques) en lien avec la clinique. Les données étudiées sont générées au sein du laboratoire ou proviennent de ressources publiques et de projets collaboratifs européens (notamment le projet H2020-IMI PRECISESADS ou 3TR). Les outils utilisés sont adossés au langage R et différents packages. L'unité travaille en collaboration avec la plateforme ABIMs de Roscoff qui met à disposition des espaces de travail ainsi que divers outils d’analyse.

 

L'approche par intelligence artificielle couvre différents domaines : du traitement du langage naturel pour l'automatisation des revues systématiques de la littérature à l'analyse d'image pour la segmentation et l'annotation de coupes tissulaires en passant par la fouille de données pour construire des modèles prédictifs de l'évolution de pathologies. L'unité dispose de deux machines de calculs dédiées à l'entraînement de ces algorithmes." Plusieurs réalisations sont disponible sur la page github du LBAI.

 

 

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Fig: La distribution du profil moléculaire est représentée par 4 groupes de patients atteints de pSS avec des voies canoniques différentes.
Extrait de : Une nouvelle classification moléculaire pour permettre des stratégies de médecine de précision dans le syndrome de Gougerot-Sjögren. Perrine Soret, Christelle Le Dantec, Emiko Desvaux et al. June 2021, Volume12 - Nature Communications.

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