• « Les bombardements de Brest (1940-1944) », Revue historique des armées, n° 2, 1998, p. 97-108.
• « La Défense passive en France (1930-1944). L’exemple de Brest », Revues historique des armées, n° 4, 1998, p.97-103.
• « La redoute de Guestel-Bras. Histoire d’une fortification », Bulletin de la Société archéologique du Finistère, tome CXXVIII, 1999, p. 189-206.
• Besselièvre Jean-Yves, Mathieu Créac'h, Le château de Trémazan. Architecture, légende, histoire, 1999, 120 p.
•  « Les ouvrages extérieurs de Brest (1776-1784). Les prémices de la fortification détachée”, Collectif, Histoire de la fortification, Cahiers du Centre d’étude d’histoire de la Défense, n° 10, Vincennes, 1999, p. 153-163.
• « Brest, place forte au temps de l’Académie de Marine », dans Alain Boulaire (dir.), Brest au temps de l’Académie de Marine, Centre culturel Abbaye de Daoulas, Daoulas, 2001, p. 22‑25.
• Vauban, la forteresse idéale, Bruxelles, La Maison d’à côté, 2007, 111 p.
• « Les bombardements de Brest (1940-1944) », dans Les bombardements sur la France durant la Seconde Guerre mondiale : stratégies, bilans matériels et humains (collectif), Cahiers du Centre d’étude d’histoire de la Défense, n°37, Vincennes, 2009, p. 103-124.
• L'Île Longue. Histoire d'un site exceptionnel, Quimper, Éditions Palantines, 2010, 196 p. (collectif).
• Besselièvre Jean-Yves, Éveillard Jean-Yves, "La valorisation du patrimoine défensif finistérien : l'exemple des batteries de l'Aber (Lanildut) et de Toul-Logot (Plougonvelin)", actes du colloque international Valoriser les patrimoines militaires. Théories et actions, Université de Bretagne occidentale, Brest, 22-24 octobre 2008, Presses universitaires de Rennes, 2010, p. 103-114.
• Lécuillier Guillaume (dir.), Jean-Yves Besselièvre, Alain Boulaire, Didier Cadiou, Christian Corvisier, Patrick Jadé, Les fortifications de la rade de Brest : défense d'une ville-arsenal, collection "Cahiers du Patrimoine", Presses universitaires de Rennes, 2011, 392 p.
• Besselièvre Jean-Yves, Grall Jean-Jacques, Laot-Lombart Lénaïg, Mirambet-Paris Agnès, Le château de Brest, Paris, Musée national de la Marine, 2013, 48p.
•  Fibres marines. Chanvre et lin, hier et aujourd'hui (collectif), Quimper, Éditions Palantines, 2013, 136 p.
• « Petit patrimoine maritime : les batteries de défense des côtes (XVIIe-XIXe siècles », Tiez Breiz, n° 32, 2013, p.15-19 (en collaboration avec Dominique Lizerand).
• "Approches du patrimoine militaire côtier en Finistère. Exemples de valorisation de batteries de côte", actes des journées d'études Battre le littoral. Histoire, reconversion et nouvelles perspectives de mise en valeur du petit patrimoine militaire maritime, 15-16 novembre 2012, Presses universitaires du Mirail, p. 185-199, 2014.
• Batissou Chloé, Besselièvre Jean-Yves, Bœuf Gilles, Lamy Gabriela, Le roman de la fraise. 300 ans d'aventures, Françoise Livinec Éditions, 2014, 299 p.
• Collectif, Trophée Jules Verne. Le record extraordinaire, Musée national de la Marine - Gallimard, 2019, 160 p.
• Thérond Laëtitia, Besselièvre jean-Yves, L'Aot-Lombart Lénaïg, Voyage en terres australes. Crozet & Kerguelen de leur découverte à nos jours, Locus Solus - Musée national de la Marine, 2022, 192 p.
• Besselièvre Jean-Yves, Laot-Lombart Lénaïg, Château de Brest. Souvenir de visite, Paris, Musée national de la Marine, 2023, 72 p.
• Alain Boulaire, Jean-Yves Besselièvre, Un port du roi. Brest au XVIII^e siècle par les Van Blarenberghe, Rennes, Ouest France, 2024, 96 p.
• Besselièvre Jean-Yves, Le Canot de l'empereur, Rennes - Paris, Ouest France - Musée national de la Marine, 2024, 80 p.

• Besselièvre Jean-Yves (dir.), Boulaire Alain, Corre Olivier, L'Aot-Lombart Lénaïg, Mourot Marjolaine, Le port de la Liberté. Brest au temps de l'indépendance américaine, Locus Solus - Musée national de la Marine, 2016, 144 p.

Revues sans comité de lecture

• Besselièvre Jean-Yves, « Razzle Dazzle. L'art de l'illusion », Le Chasse Marée, n°291, décembre 2017.

Revues avec comité de lecture

• Les Cahiers de l'Iroise, 2017, n°225, p. 191-209.

• Besselièvre Jean-Yves, « La destruction de l'US Naval Memorial », Les Cahiers de l'Iroise, 2017, n°225, p. 223-233.

• Besselièvre Jean-Yves, « L'abri Sadi-Carnot (1942-1960) », Les Cahiers de l'Iroise, 2017, hors-série n° 5, p. 15-26.

• Besselièvre Jean-Yves, « Brest à l'heure américaine 1917-1919 », 14-18, le magazine de la Grande Guerre,  2017, n° 79, p. 32-37.
• Besselièvre Jean-Yves, « L'Académie de marine dans les collections du Musée national de la Marine », Les Cahiers de l'Iroise, 2022, n° 238, p. 28-39.
• Besselièvre Jean-Yves, « Un "terrien" académicien de marine : Amédée-François Frézier (1682-1773) », Les Cahiers de l'Iroise, 2022, n° 238, p. 40-54.
• Besselièvre Jean-Yves, « La "Grande machine des travaux de Brest" », Les Cahiers de l'Iroise, 2022, hors-série n° 10, p. 33-64.
• Besselièvre Jean-Yves, « Brest, le dernier plan-relief, 1942 », Les cahiers de l’Iroise, n° 242, 2024, p. 266-287.
   

Contribution à un ouvrage

• Mourot Marjolaine (dir.), Escales au Musée de la Marine, Gallimard - Musée national de la Marine, 2016, 192 p.
• Berlemont Johanne (dir.), C comme collections. Le Musée de la Grande guerre, Liénart éditions, 2018, 256 p.
• Collectif, Découvrir le monde. Brest, port d'explorateurs, Institut français de la mer - Locus Solus, 2020, 256 p.
• Collectif, Musée national de la Marine. La collection, Snoeck éditions - Musée national de la Marine, 2023, 336 p.
• Collectif, La Jeanne d'Arc, la grande aventure maritime, Châteaulin, Institut français de la mer - Ministère des Armées - Locus Solus, 2024, 192 p.

Actes de colloque

• Besselièvre Jean-Yves, "De l’indestructibilité de la base de sous-marins allemande de Brest : 1941-2019", actes du colloque "Défendre la mer à grande échelle. Bases navales et infrastructures maritimes (XIXe-XXe siècles)", Université Michel de Montaigne Bordeaux 3, Bordeaux, 20-21 octobre 2016, Presses universitaires du Mirail, à paraître 2019.