Le LUBEM (UR 3882 USC 154) est un laboratoire de recherche de l’Université de Bretagne Occidentale spécialisé dans l’étude de la biodiversité et de l’écologie des micro-organismes, et ce principalement en agro-alimentaire et en environnement.

Le LUBEM est structuré autour de 4 domaines d'études :

• Ecologie : identification, quantification et caractérisation des micro-organismes associés aux écosystèmes d’intérêt (agriculture, aliment et environnement marin), évolution des communautés microbiennes lors des variations de leur environnement.
• Physiologie : comportement des micro-organismes sous l’effet de de facteurs biotiques et abiotiques (dont approche de microbiologie prévisionnelle).
• Métabolisme : rôle des micro-organismes dans leurs écosystèmes, étude de métabolites à impact négatif ou positif (dont impact toxicologique) et de leurs voies de biosynthèse.
• Maîtrise : application de méthodes physico-chimiques et biologiques pour le contrôle de micro-organismes indésirables ( d’altération ou pathogènes).

Tous ces domaines sont développés au sein de deux axes applicatifs que sont les écosystèmes à composantes fongiques (moisissures et levures) et les risques associés aux bactéries sporulées.

L'UMR BEEP (UMR 6197) est une unité de recherche UBO/Ifremer/CNRS dont l'objectif est de décrire et comprendre la composition, la structure et le fonctionnement des différents écosystèmes marins profonds en couplant les études des communautés faunistiques et microbiennes, de la population à la molécule, en utilisant des approches intégrées et multidisciplinaires.

Les activités de L'UMR s'organisent autour de 4 thèmes de recherche :

• Le thème de la biodiversité des grands fonds s'intéresse non seulement à la diversité des espèces mais aussi à celle des gènes, des fonctions, des métabolismes et des services écosystémiques allant des micro-organismes à la mégafaune, à différentes échelles spatiales et temporelles.
• Le thème des interactions dans les grands fonds étudient les processus impliquant des échanges ou des relations réciproques au sein et entre les compartiments biotiques et/ou abiotiques, et contribuant à leur stabilité et modifications dans le temps et l’espace.
• Le thème de l'adaptation et réponse se penche sur le processus d’adaptation spécifiques à la vie des écosystèmes profonds (T°C, Pression….)
• Le thème transverse se focalise sur les  développements méthodologiques et techniques

L'ESIAB est une école interne de l'UBO. Elle propose deux formations délivrant un diplôme d'ingénieur :

• La formation d’ingénieur "microbiologie et qualité", d’une durée de 3 ans, est localisée à Plouzané et est accessible en formation initiale sous statut d’étudiant.
• La formation d’ingénieur, spécialité Agroalimentaire d'une durée de trois ans, est située à Quimper. Elle est accessible sous statut étudiant et sous statut apprentis en partenariat avec l'IFRIA Bretagne.